Пожалуйста, подскажите, существует ли запрет на подключение питающих линий снизу автоматических выключателей, а отходящих – сверху, или такая компоновка допустима?
В нормативных документах такого запрета не существует, описанная вами компоновка допустима.
Только в том случае, когда изготовитель автоматов в инструкции указал, что такая компоновка по тем или иным причинам не рекомендуется или запрещается, следует прибегнуть к подводке питающих линий таким образом, как указано в инструкции.